Untuk meningkatkan kompetensi dan wawasan mahasiswa dalam bidang ekonomi syariah, prodi Ekonomi Syariah UAA menjalin kerjasama dengan beberapa lembaga keuangan bank dan non bank, antara lain:
1. Bank BPRS Barokah Dana Sejahtera
2. Bank Muamalat
3. Bank BNI Syariah
4. Bank BRI Syariah
5. Bank Mega Syariah
6. Bank Mandiri Syariah
7. BMT Hidayah Ummat
8. BMT Artha Barokah
9. BMT Life
10. BMT Al-Ikhlas
11. Dhompet Dhu’afa
12. Rumah Zakat
13. Baznas Propinsi DIY
14. Baznas Bantul
15. Baznas Kota Yogyakarta
16. LAZIS Muhammadiyah
17. LAZIS NU DIY
18. Pegadaian Syariah
19. Dll
Mitra Prodi PGMI:
- MI Ma’arif Al-Iman
- MI Ma’arif Saman
- LP Ma’arif NU Kulon Progo
- MI Maarif Kuncen
- PP. Ali Maksum, Krapyak, Yogyakarta
- MI Marif Sendang Kulon Progo
- MIN II Yogyakarta
- MIN Jejeran
- SDN Sendangsari
- MI Jragan
- MI Blendangan
- MI Candran
- MI Falahussyabab
- MI Falahiyah
- MI Ma’arif Serut
- SDN Keputran A
- SDN Suryodiningratan III
- SDIT BAIK Krapyak
- MIN Kebonagung
- MI Tanwiru Huda Majenang
Prodi perbankan Syariah, telah berupaya untuk menjalin kerjasama baik dengan industry perbankan maupun perguruan tinggi lainnya, kerjasama tersebut diantaranya
- Johns Hopkins University, Maryland, USA
- University of Tasmania (UTAS) Australia
- National Cheng Kung University Taiwan
- Kedutaan Besar Indonesia Untuk Brasil
- BRI Syariah
- Bank BNI 46
- Bank Syari’ah Mandiri
- Bank BPD Yogyakarta
- BPRS Bangun Drajat Warga
- BPRS BDS
- BMT Alma Ata
- BMT Bringharjo
- BMT BTM Surya Umbulharjo
- BMT Dana Insani
