Program 5 S (senyum, salam, sapa, sopan, santun) merupakan salah satu program dari beberapa program kegiatan yang dilakukan oleh mahasiswa PAI Universitas Alma Ata di SMP N 3 Yogyakarta dan mendapatkan apresiasi yang luar biasa dari pihak sekolah. Program ini masuk dalam kegiatan Praktik Pengalaman Lapangan dan Kuliah Kerja Nyata (PPL-KKN), ini merupakan program wajib yang harus diselesaikan dengan predikat lulus oleh setiap mahasiswa prodi PAI sebagai calon guru professional.
Program 5 S dilaksanakan pada setiap pagi hari tiga puluh menit sebelum siswa masuk sekolah (jam 6.30) dengan setiap siswa yang masuk ke halaman sekolah wajib menerapkan senyum, salam, sapa, sopan, santun terhadap mahasiswa pratikan. Siswa sebelum masuk ke lobi /halaman sekolah untuk melaksanakan kegiatan tersebut, harus melepas topi, jaket dan jalan berbaris antri dan berjabat tangan dengan mahasiswa dengan tidak meninggalkan senyum, sapa, serta sopan santun. Mahasiswa praktikan yang telah menunggu kedatangan dari siswa berdiri berjajar dan berusaha untuk menghafal para siswa dan mengoreksi terhadap pakaian ataupun tingkah laku yang diperankan oleh siswa.
Drs. Sofwan, M.Hum selaku kepala sekolah SMP N 3 Yogyakarta menyampaikan apresiasi terhadap salah satu kegiatan PPL KKN ini ( 5 S). Lebih lanjut dia menyatakan bahwa program 5 S telah melekatkan kasih sayang antara guru praktikan dengan siswa sebagai pembelajar. Kelekatan dan kedekatan antara guru dan siswa merupakan salah satu faktor kunci keberhasilan pembelajaran yang dilakukan oleh siswa. Dengan program ini maka guru akan berusaha menghafal serta menegur siswa yang berperformance kurang rapi, seperti baju harus dimasukkan, dasi, cukuran ramput, sepatu atau bahkan siswa yang tidak memakai seragam tidak sesuia aturan. Pada pihak siswa, mereka akan berusaha menghafal guru yang disalaminya serta bisa meningkatkan rasa horamat dan kasih sayang terhadap guru yang mengajarnya. Terakhir kali kepala sekolah berharap bahwa program ini tetap bisa dilaksanakan secara continue dan berkelanjutan sekalipun mahasiswa praktikan telah selesai melaksanakan PPL-KKN.